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현자의 돌은 4원소로 이루어져 있으며 마지스터리의 기본 단계들에서 승화하고 정화한 후 더 높은 단계에서 결합하거나 새로운 형태(하나/원과 넷/사각형의 조화로운 결합)로 재구성된다.
연금술사, 철학자의 과제는 별들의 힘에서 벗어나 4원소를 지배하는 것이며 이를 위해 그 성질들을 변화시키는 법을 연구하고 그 과정에서 부딪히는 시련들을 극복해야 한다. 4원소는 연금술 작업의 4단계와도 연결되어 있다. 니그레도, 알베도, 치트리니타스, 루베도의 4단계는 우주질서의 안정성과 그 속에 일어날 수 있는 변성의 잠재성을 나타낸다.
우주에 생기를 불어넣으며 모든 물리적 정신적 변화의 철학적, 실천적 열쇠가 되는 천상의 원소를 연금술사들은 제5의 원소, 곧 퀸테센스라 칭했다. 생명 그 자체와 동일시되는 퀸테센스는 현실을 움직이는 여러 다른 양극성들을 안으로 포용하고 조화롭게 만든다. 그리고 상하거나 변하지도 않는다. 퀸테센스의 주된 기능은 대우주와 소우주 사이에 소통의 길을 열어주고 별, 동물, 광물, 식물 사이에 서로 상응하는 연결 관계를 마련해준다는 것이다. 공기처럼 가볍고 휘발하는 원소를 선호하기 때문에 이 퀸테센스는 연금술의 메르쿠리우스(모든 금속의 근원)와 세계의 영혼과 동일시된다.
연금술사들은 알과 네가지 원소(껍질/흙, 막/공기, 흰자위/물, 노른자위/불)를 대응시켰고, 현자의 돌을 만들 때는 연금술 혼합물의 재료로 알을 사용했다. 연금술사는 근원 물질의 생산에 알을 사용하였다. 껍질은 곱게 갈아 석회를 얻고, 노른자위를 이용해 특별한 기름 물질을 만들기도 하며, 흰자위는 ‘메르쿠리우스의 물’을 만드는데 사용한다. 현자의 알은 반드시 정화의 과정을 거쳐야 하는 근원 물질을 나타내며 또한 좀 더 높은 차원에서 다시 소생한 생명의 상징인 현자의 돌과 퀸테센스를 나타내기도 한다. 알은 원소들의 혼돈 상태 또는 정화 이전의 근원 물질을 의미한다. 알의 재에서(부패의 단계후) 불사조가 상승하는데, 이는 현자의 돌을 상징한다. 황금알은 모든 현상이 탄생하기 이전의 원초적 전체성의 상징이다. 이로부터 라피스, 현자의 돌의 상징인 ‘연금술의 병아리’가 태어날 것이다. 연금술의 유리병은 현자의 돌을 만들기 위해 필요하며 뱀은 현자의 돌을 금속 안에 가져다 놓는 역할을 한다. 실제로 현자의 병아리(태양의 중심에 있는 붉은 점)를 부화하는 일은 실험실에서 생물학적 창조의 기적을 재생할 수 있음을 의미한다.
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