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연금술 마지스터리는 수은과 황 요소로 구성된 원래의 혼합물 재료(근원 물질, 마그네시아)의 처리과정으로 시작한다. 이는 변형시킬 재료의 물질적 육신뿐 아니라 연금술사의 정신도 참여하는 과정이다. 이 과정의 목적은 인간의 정신적 고양과 물질의 정화, 곧 모든 불완전을 치유할 수 있는 지극히 순수한 물질인 퀸테센스의 증류에 있다. 또한 변화하며 여러 형태를 취할 수 있는 수은의 성질은 연금술의 토대를 이루는 기초 중 하나이다. 수은은 연금술에서 변성의 동인이며 근원 물질은 아직 정화 과정을 거치지 않은 철학적 혼돈의 상태이다. 수은은 전체성과 고형이면서 동시에 유동적인 이중적 성질을 가지고 있다. 이 과정에는 니그레도(검게하기, 흑색작업), 알베도(희게하기, 백색작업) 치트리니타스(노랗게 하기, 황색작업) 비리디타스(녹색으로 만들기, 녹색작업) 루베도(붉게 만들기, 홍색작업)등의 단계가 있다. 이는 연금술사의 정신과 자연 원소들의 육신에서 일어나는 정신적, 육체적 과정에서 기인한다.
연금술 마지스터리에서 중요한 단계들은 여러 다른 색채의 단계들로 나뉜다. 연금술의 색깔 연쇄는 고대 금속의 채색 기술에 기원을 두고 있다. 초기 그리스 연금술사들은 금속이 금색을 얻을 때까지 기저 금속을 물들이는 작업에 대해 끊임없이 언급해왔다. 연금술사들은 그들의 작업 동안 겪게 되는 연속적인 과정들에 대해서는 일치된 의견을 보였고 이것을 색깔변화로 나타내었는데 검은색에서 흰색 그리고 붉은색으로 이어지는 색깔 연쇄 과정을 밟아나갔다. <붉은색이 연금술의 마지막 작업이다>라고 노턴은 기록하고 있다. 색깔을 사회적인 지위에 연결시키는 생각은 연금술에 전해져 붉은색이나 자줏빛은 <젊은 왕> 혹은 현자의 돌이 마침내 실험실에 모습을 드러냈다는 상징이었다. 이처럼 색깔에 몰두하는 태도는 연금술의 기나긴 역사동안 계속되었다. 색깔(혼돈의 어둠에서 정신적 황금의 빛으로 나아가는 과정을 상징)로 특징화 된 각 단계들은 금속이 녹는 과정과 유사한데 흑색은 시작 단계, 백색은 가열, 녹색은 산화, 황색은 금속이 녹는 융점, 홍색은 액화에 해당한다.( 연금술의 색깔연쇄는 색에 따른 연금술 단계를 보여주는데, 흰색은 육신의 정화를 암시한다. 보라색은 왕을 나타내는 선명한 색으로 위대한 작업의 성취와 현자의 돌을 얻었음을 암시하며 정신의 통합을 상징하는 것이다. 공작의 꼬리는 근원 물질 속에 존재하는 모든 색채가 모였음을 보여준다. 모든 물질은 반드시 올바르게 정화되고 백색이 되어야 하며 그 후 서서히 증류과정을 거치면서 황금으로 변하게 된다.
연금술 과정을 설명하는 은유로 인간의 탄생이 있다. 인간의 탄생과정은 수태의 단계(화학적 결합), 자궁 속 잉태( 정화장치 속에서 라피스 증류하기), 양수가 터짐(백색 또는 달의 용액), 탄생(현자의 돌 탄생), 그리고 젖 먹이기 등으로 나뉜다. 위대한 작업은 연금술사가 잃어버린 낙원(완전한 인간성)을 되찾는 일에 대한 상징이기도 하다. 연금술사들은 항상 대지를 비옥한 어머니로, 땅 속에 묻힌 광석을 수태된 아이라고 생각했다. 광물들은 대지의 자궁 속에 감추어져 있으며 이 광물들은 대지가 위로부터 받아들이는 정신에 의해 영양을 제공받는다고 바실의 발렌틴은 쓰고 있다. 현자의 돌을 만드는 과정은 종종 탄생, 성장, 결혼, 결합이나 죽음과 같은 인간적인 용어들로 묘사되어 인간과 마찬가지로 두 종자, 즉 남성과 여성의 결합으로 수태되어, 태아로 변성하여 밝은 날 태어난다. 그러고는 우유로 양분을 섭취하여 성인으로 성장하고 결혼하여 그의 아내로부터 씨를 받는다. 십자나 고난의 조류에 괴로움을 당하다가 죽어 묻힌다. 한동안은 무덤에 묻혀 있다가 다시 소생하여 새로운 청결한 삶을 누리고 더 이상 죽지 않는다.
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