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연금술은 비술이며 비전의 지식이기에 비밀과 신비에 쌓여있고, 이 지식은 암호화한 언어와 상징,우화 속에 기술과 철학, 정신적 내용을 숨겼다. 특히 연금술사들은 그들 작업의 비밀언어를 일련의 상징들에 의존하여 나타내었는데, 신과 영웅, 실제의 동물과 가상의 동물, 그리고 괴물과 공기의 정령이 그들 사이의 상호적인 관계망으로 원칙들을 드러내고 작업을 묘사하였다. 그런데 이 용어들은 기능에 따라 원소, 원리, 주체나 객체로 변함으로써 철학적이 작업 속에서 하나의 용어가 항상 동일한 의미를 가진것은 아니었다.
계시적 문헌에 따르면 인간에게 현자의 돌을 어떻게 얻을 수 있는지 알려준 것은 반역의 천사들로, 현자의 돌은 영혼의 정신적 고양에 대한 상징이며 창조적 상상력에 대한 표상이다. 모든 살아있는 것들(파도)을 포용하고 있는 바다, 왕관을 쓴 모든 물질의 왕 ,모든 완벽함의 아버지도 근원 물질을 상징한다. 어머니이자 자연의 유모로서 지구도 현자의 돌이 추출되는 근원 물질인 힐레에 대한 은유이다.
창조주로서의 신, 우주의 창조자이자 지배자라는 인물상은 연금술사들이 위대한 작품을 이루고 현자의 돌을 얻은 마스터의 역할을 나타내고자 사용했다. 현자의 돌은 인간본성에 속에 숨겨진 신성의 영역을 뜻하며, 이는 개인의 이기심과 재결합하고 세속적 열정으로부터 이탈할 때 되찾을 수 있으며 다시 활발해진다. 이러한 주제를 바탕으로 연금술에 입문한 사람들은 연금술 작업과 신의 창조 사이에 유사성을 이끌어냈다.
그리스도(라피스)는 현자의 돌을 상징하며 이는 원소의 ‘육체’로부터 ‘정신’을 분리함으로써 얻어진다. 현자의 돌(라피스)과 현실을 지배하는 대립되는 것들의 조화로운 결합을 상징하는 그리스도 라피스는 연금술의 상징론에서 가장 매력적인 주제 중 하나이다. 구세주라는 그리스도의 역할은 현자의 돌과 일치하는데 현자의 돌은 바탕 금속을 황금으로 바꾸고 나아가 우주의 모든 물질에 깃드는 생명의 정신을 육신의 껍질에서 해방시킨다. 그리스도와 라피스 사이의 이러한 유사성은 예수의 삶과 수은과 황이 작업 중 거쳐야 하는 시험들 사이에서 공통점을 찾을 수 있다. 그리스도를 중심으로 한 이 은유를 만들었다는 중세의 연금술사 그라테우스에 따르면, 그리스도의 삶에서 일어났던 기적과 같은 사건들은 수은의 순교와 황의 못박힘의 예시가 된다. 부활한 그리스도는 현자의 돌의 상징이다. 현자의 돌은 수은의 순교를 통해서 얻어지는 것이기 때문이다. 심지어 네모난 무덤도 현자의 돌의 이미지이다. 돌은 4원소에 의해 형성되며 불(현자 메르쿠리우스, 불의 물, 그리스도)의 정화 작용으로 새롭게 소생하고 속죄 받는다.
레비스는 양성구유는 모든 물질을 이루고 있는 여러 요소들(육체,정신,영), 양대 우주의 원리(남성과 여성) 그리고 두 가지 상태(안정과 불안정)의 조화로운 결합을 통해 얻은 현자의 돌을 상징한다. 헤르마프로디토스는 현자의 돌, 즉 자신 안에 부모의 모든 자질들을 간직한 왕 부부로 태어난 아이를 상징하고 있다. 이 때문에 현자의 돌을 rebis(두 가지)라 부르기도 하며 그 자체로 전체이며, 완전무결한 것이다. 이것은 여성인 동시에 남성이기도 한 자웅동체의 형상으로, 그 때문에 스스로 자신을 만들어낼 수도 있다.
우울(멜랑콜리아)은 놀고 있는 아이들과 함께 그려졌는데, 이 이미지는 루두스 푸에로룸(아이들의 놀이)의 은유이다. 이 이미지를 이용하여 그들은 아이들의 놀이와 현자의 돌의 탄생 사이의 유사성을 표현하고자 했던 것이다.
불사조는 현자의 돌을 상징한다. 현자의 돌은 능동적, 남성적, 육체적 원리(태양)과 수용적, 여성적, 정신적 원리의 결합에서 탄생된다. 불사조는 증류하는 동안 정화기 위에 올라오는 수증기(또는 정신)에 대한 은유이기도 하다.
지식을 얻는 열쇠를 지닌 사람들은 매우 어려운 작업인 연금술 마지스터리의 마지막 단계가 아이들의 놀이와 닮았다고 생각한다. 비전이라는 의미에서 볼 때 현자의 돌은 아이들이 놀이-종종 굴렁쇠나 공으로 표현됨, 우주의 전체성과 사건의 영원한 부활의 상징-에 활기를 주기 위해 사용하는 무의식적인 힘을 투입함으로써 비로소 얻어질 수 있음을 암시한다.
수세기 동안 사람들은 펠리컨이 자신의 피로 새끼를 먹여 살린다고 잘못 생각해 왔다. 그것은 펠리컨이 모이주머니에 모아둔 모이를 다시 게워낼 때의 모습이 마치 자신의 가슴을 쪼고 있는 걱처럼 보이기 때문이었다. 때문에 펠리컨은 그 역시 자신의 물질로 자신의 자식에게 영양분을 주는 현자의 돌을 가장 이상적으로 상징할 수 있는 것이었다.
현자의 돌이 되어가고 있는 물질을 나타내는 늙은 왕은 연금술 욕조에서 씻기우고 정화된다. <철학자의 장미화원>의 저자가 말한 것처럼, 생기를 주고 죽음을 가져다주는 것은 바로 이 물이다. 이와 똑같은 생각이 <태양의 광채>에 나오는 또 다른 그림에서도 보이는데, 이 그림에는 늙은 왕이 욕조 밑으로 가라앉아 버리고 그는 현자의 욕조에서 용해되어 순결하게 된다. 나중에 물속으로부터 <젊은 왕> 혹은 현자의 돌로 다시 떠오른다.
일곱 개의 금속들은 연금술 그림에서는 종종 나뭇가지 위에 달린 익은 과일로 묘사된다. <연금술 박물관>에 나오는 한 그림에는 각 금속들이 서로 다른 나무들에서 자라고 있다. 나무의 이미지는 현자의 돌에 이상적으로 들어맞는 것인데, 그것은 나무처럼 이 돌도 계속해서 새로운 열매를 맺기 때문이다. <우리의 돌은 정말로 깨끗한 나무가 되어 풍성하게 봉오리를 맺고 후에는 수많은 잔가지와 분지들로 뻗어갈 것이다>라고 니콜라스 플라멜도 서술하고 있다.
여행하는 아르고호 사람들은 비교에 입문한 영웅들로 ‘위대한 작품’인 황금 양털을 얻기 위해 항해를 떠났다. 콜키스에서 보호받고 있던 이 황금 양털은 사실 현자의 돌에 대한 은유이다. 실제로는 인공적으로 황금을 만드는 방법이 담겨 있는 양피지 두루마리였을지도 모른다.
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