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자연의 원소들은 도형과 암호화 된 기호를 통해 표현된다. 물,불,공기,흙은 각각 20면체, 8면체, 피라미드, 6면체로 나타내고 육각의 별(솔로몬의 봉인)은 퀸테센스와 현자의 돌의 상징이다.
현자의 돌은 다이아몬드, 위에 십자가(감각적인 지상의 영역과 영적인 천체의 영역을 연결)가 놓인 정사각형(안정성과 완벽함의 상징), 우주 전체에 스며들어 있는 섬세하고 변질되지 않는 물질(에테르 또는 퀸테센스)들과도 동일시된다. 이러한 상태나 조건을 상징하는 문양으로는 두 삼각형이 교차한 육각의 별모양인 솔로몬의 봉인과 연금술사의 칠각별이 있다. 연금술사의 칠각별은 자연 원소와 금속, 황, 수은, 소금의 세 동인 등의 상징으로 구성된 인간의 모습이다.
<아틀란타 푸카>1617에는 남성과 여성에서 원을 만들고, 여기서 사각형을, 사각형으로부터 삼각형을 만들고 다시 원을 그리면 철학자의 돌을 갖게 될 것이라고 나와있다. 마이어의 해석에 따르면, 오이디푸스는 현자의 돌 혹은 고정된 수은이다. 때문에 오이디푸스가 부풀어 오른 발은 한 사람으로 묘사되어 있다. 그는 부풀어 오른 발을 가지고 있어 뛸 수도 없다. 그는 고정되어 있거나 다른 것을 고정시키고 불을 피할 수도 달아날 수도 없다. 오이디푸스가 자신의 아버지를 죽이는 이유는 현자의 돌이 자신이 만들어진 물질을 대신하기 때문인 것으로 해석된다. 마이어는 스핑크스의 수수께끼를 인간에 대해서가 아니라 현자의 돌에 관한 것으로 해석하였다. 아침에 네발이었다가 낮에는 두발, 저녁에는 세발이 되는 것은 무언인가? 오이디푸스의 답을 어떤이들은 인간의 삶으로 해석하지만 이것은 틀렸다고 보았다. 정사각형 혹은 4원소를 무엇보다 먼저 생각할 수 있어야 한다. 이로부터 두 개의 선, 즉 직선과 곡선으로 된 천구, 달리 말하자면 하얀 달로 생각이 가야 한다. 그러고는 육체, 정신과 영혼으로, 혹은 태양과 달 그리고 수은으로 된 삼각형에 도달한다. 라체스는 자신의 서간경에다 현자의 돌은 정수로 보자면 3각형이며 질로 보자면 4각형이라고 서술했다.
연금술에서 수외 비율이 지니는 중요성은 마이어의 우의화 중의 하나의 삽화로 나와 있는데 이 우의화에는 연금술의 본질이 기하학적인 모양으로 요약되어 있다. 모피 코트를 걸친 한 연금술사가 거시우주와 미시우주라는 거대한 도형을 역시 엄청난 크기의 캘리퍼스로 측정하고 있다. 도형 내부의 원은 돌이 형성되어 가는 우주의 달걀, 즉 헤르메틱 용기를 나타낸다. 이 원 안에는 태양신과 달의 신의 나체 형상이 있는데 이들은 현자의 돌의 부모이다. 안쪽 원을 싸고 있는 정사각형은 4원소를 나타낸다. 이 정사각형을 둘러싸고 있는 거대한 원은 우주 혹은 이 작업이 이루어지는 거시우주를 상징하고 있다. 이 그림의 왼쪽 구석에는 다양한 기하학적인 구조들이 그려진 종이가 놓여있다. 연금술사들에게 가장 중요한 것은 맞물려 있는 두 개의 삼각형으로 이루어져 있다. 이것은 육성형으로 알려져 있다. 이 육성형의 기본 원소를 상징하는 에 개의 기호들의 조합으로 모양이 이루어지고 이로부터 돌이 만들어지는 우주물질을 상징한다.
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